Sequence-Dependent Duplex Stabilization upon Formation of a Metal-Mediated Base Pair
Scharf P, Jash B, Kuriappan J, Waller M, Müller J
Forschungsartikel (Zeitschrift) | Peer reviewedZusammenfassung
An artificial nucleoside surrogate with 1H-imidazo[4,5-f][1,10]phenanthroline (P) acting as an aglycone has been introduced into DNA oligonucleotide duplexes. This nucleoside surrogate can act as a bidentate ligand, and so is useful in the context of metal-mediated base pairs. Several duplexes involving a hetero base pair with an imidazole nucleoside have been investigated. The stability of DNA duplexes incorporating the respective AgI-mediated base pairs strongly depends on the sequence context. Quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) calculations have been performed in order to gain insight into the factors determining this sequence dependence. The results indicated that, in addition to the stabilizing effect that results from the formation of coordinative bonds, destabilizing effects may occur when the artificial base pair does not fit optimally into the surrounding B-DNA duplex.
Details zur Publikation
Autor*innen der Universität Münster
| Akkarapattiakal Kuriappan, Jissy | Organisch-Chemisches Institut |
| Müller, Jens | Professur für Anorganische Chemie (Prof. Müller) |
| Scharf, Philipp | Institut für Anorganische und Analytische Chemie |
| Waller, Mark Paul | Professur für Theoretische Organische Chemie (Prof. Neugebauer) Center for Multiscale Theory and Computation (CMTC) (CMTC) |
Projekte, aus denen die Publikation entstanden ist
Laufzeit: 01.01.2010 - 31.12.2017 | 2. Förderperiode Gefördert durch: DFG - Sonderforschungsbereich Art des Projekts: Teilprojekt in DFG-Verbund koordiniert an der Universität Münster | |
Laufzeit: 01.01.2010 - 31.12.2013 | 1. Förderperiode Gefördert durch: DFG - Sonderforschungsbereich Art des Projekts: Teilprojekt in DFG-Verbund koordiniert an der Universität Münster |
Promotionen, aus denen die Publikation resultiert
| 1H-Imidazo[4,5-f][1,10]phenanthroline as a ligand in metal-modified nucleic acids Promovend*in: Jash, Biswarup | Betreuer*innen: Müller, Jens Zeitraum: 01.10.2014 - 14.02.2018 Promotionsverfahren erfolgt(e) an: Promotionsverfahren an der Universität Münster | |
| 1H-Imidazo[4,5-f][1,10]phenanthrolin als künstliches Nucleosid und Ladungstransfer durch DNA mit metallvermittelten Basenpaaren Promovend*in: Scharf, Philipp | Betreuer*innen: Müller, Jens Zeitraum: 01.10.2010 - 10.07.2014 Promotionsverfahren erfolgt(e) an: Promotionsverfahren an der Universität Münster |