Software zur Förderung von Datenwiederverwendbarkeit und Reproduzierbarkeit in der Phylogenetik und Phylogenomik

Grunddaten zum Promotionsverfahren

Promotionsverfahren erfolgt(e) an: Promotionsverfahren an der Universität Münster

Zeitraum: 01.03.2011 - 13.12.2018

Status: abgeschlossen

Promovend*in: Stöver, Ben

Promotionsfach: Biologie

Abschlussgrad: Dr. rer. nat.

Verleihender Fachbereich: Fachbereich 13 - Biologie

Betreuer*innen: Müller, Kai; Quandt, Dietmar; Makalowski, Wojciech

Beschreibung

Die in dieser Arbeit entwickelten Softwarekomponenten tragen zur Erhöhung der Wiederverwendbarkeit wissenschaftlicher Daten und der Reproduzierbarkeit der zugrundeliegenden Studien bei, indem sie eine eindeutige Annotation mit Metadaten (z.B. Verknüpfungen von Rohdaten oder Informationen über verwendete Methoden) ermöglichen und die übersichtliche Gegenüberstellung von Ergebnissen unterschiedlicher Methoden zum Multisequenzalignment und zur Phylogenierekonstruktion erlauben. Während die bioinformatischen Bibliotheken JPhyloIO und LibrAlign grundlegende Funktionalitäten in leicht wiederverwendbarer Form für Entwickler zur Verfügung stellen, bieten die darauf aufbauenden Anwendungen Lösungen für Endnutzer. Der Taxonomic Editor der EDIT Plattform deckt dabei taxonomische Daten ab, während PhyDE 2 und der AlignmentComporator entsprechende Funktionalität für Multisequenzalignments und ihre Metadaten anbieten. TreeGraph 2 bietet entsprechenden Funktionalität für phylogenetische Bäume und ist bereits weltweit in umfangreicher Verwendung. Alle entwickelten Komponenten sind unter http://bioinfweb.info/Software frei verfügbar. Volltext: https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:hbz:6-96159516963

Promovend*in an der Universität Münster

Stöver, Ben

Arbeitsgruppe Evolution und Biodiversität der Pflanzen (Prof. Müller)

Betreuung an der Universität Münster

Makalowski, Wojciech	Institut für Bioinformatik
Müller, Kai	Arbeitsgruppe Evolution und Biodiversität der Pflanzen (Prof. Müller)

Projekte in denen das Promotionsverfahren erfolgt(e)

Aufbau eines Sammlungs-Erschließungssystems für die nordhemisphärische Blütenpflanzengattung Campanula

Laufzeit: 01.11.2013 - 31.10.2014

Gefördert durch: DFG - Wissenschaftliche Literaturversorgung und Informationssysteme

Art des Projekts: Gefördertes Einzelprojekt

Publikationen im Promotionsverfahren entstanden

JPhyloIO: A Java library for event-based reading and writing of different phylogenetic file formats through a common interface Stöver BC, Wiechers S, Müller KF (2019) In: BMC Bioinformatics, 20(1) Art der Publikation: Forschungsartikel (Zeitschrift)
Software components for increased data reuse and reproducibility in phylogenetics and phylogenomics Stöver, BC (2018) Münster: (kein Verlag angegeben). Art der Publikation: Qualifikationsschrift (Dissertation, Habilitationsschrift)
The CDM Applied: Unit-Derivation, from Field Observations to DNA Sequences Plitzner P, Müller A, Güntsch A, Berendsohn WG, Kohlbecker A, Kilian N, Henning T, Stöver BC (2017) In: TDWG 2017 Annual Conference, Ottawa, Canada, . Art der Publikation: Abstract in Online-Sammlung (Konferenz)
Increasing data accessibility and reuse in phylogenetics by employing externally defined ontologies Wiechers S, Müller KF, Stöver BC (2017) In: 6th annual Symposium of the Münster Graduate School of Evolution, Münster, Deutschland. Art der Publikation: Poster
JPhyloIO - A Java library for event-based reading and writing of different alignment and tree formats through one common interface Stöver BC, Wiechers S, Müller KF (2016) In: European Conference on Computational Biology (ECCB), Den Haag, Niederlande (Königreich der). Art der Publikation: Poster