Autoinflammatory disorders in children and adolescents: Genetics, disease mechanisms, diagnostic markers, and therapeutic targets (AID-NET)

Basic data for this project

Description

Teilprojekt 8: Next generation sequencing und bioinformatische Strategien für seltene entzündliche Erkrankungen Translationale Forschungsansätze, die die Identifizierung von Biomarkern und neuen therapeutischen Ansätzen für autoinflammatorische Syndrome zum Ziel haben, fußen zunehmend auf genomischen Technologien wie z.B. Mikroarrays und „Next Generation Sequencing (NGS)-Ansätze. Die Sequenzierung des gesamten Exoms birgt das Potential für eine direkte Translation in klinische Nutzbarkeit, insbesondere im Fall von seltenen Erkrankungen mit monogener oder oligogener Erblichkeit und hochpenetranten, kodierenden Mutationen. Jedoch fallen bei der Sequenzierung von individuellen Exomen eine große Datenmenge und Sequenzinformation an, die eine erhebliche Erfahrung im Umgang und der Analyse solcher Daten voraussetzt. Das Teilproject „Bioinformatik und NGS Core" führt die Erhebung und bioinformatische Analyse genetischer und genomischer Daten der Grundlagen-orientierten und klinischen Teilprojekte des AID-NET. Wir erwarten insbesondere die Fortsetzung der erfolgreichen Identifizierung von Genen und Mutationen, die autoinflammatorischen Erkrankungen zugrunde liegen, mittels Exom-Sequenzierung. Darüber hinaus zielt das Projekt auf die Charakterisierung molekularer Signalwege und Regelkreise des „Inflammasoms" durch Kombination von Genom- und Transkriptom-Daten in einem system-biologischen Analyseansatz. Die mittels Exom-Sequenzierung und Transkriptom-Profilierung identifizierten Gene und Regelkreise werden unmittelbar für klinische Fragestellungen nutzbar sein, da die Ergebnisse mit hoher Wahrscheinlichkeit zu einem besseren Verständnis spezifischer Krankheitsentitäten führen, und darüber hinaus neue Biomarker und neuartige therapeutische Optionen für eine individualisierte Medizin autoinflammatorischer Erkrankungen implizieren. Verwertungsplan (1) Die wissenschaftlichen Ergebnisse der NGS-Experimente und bioinformatischen Analysen werden ggf. mit den jeweiligen Teilprojektleitern des AID-NET in den relevanten Fachzeitschriften zur Publikation gebracht (2) Im Rahmen des Projekts entwickelte Software-Pakete werden bzgl. Patentierbarkeit geprüft und ggf. kommerziell verwertet. Im Fall, dass eine kommerzielle Verwertung nicht sinnvoll ist, werden diese Software-Pakete direkt der wissenschaftlichen Allgemeinheit auf den entsprechenden Plattformen im WWW (z.B. Bioconductor) zugänglich gemacht (3) Identifizierte Biomarker oder potentielle „drug targets" werden bzgl. Patentierbarkeit geprüft und ggf. kommerziell verwertet